Dans la peinture d’icônes traditionnelle, les couleurs provenaient surtout de terres colorées se trouvant au voisinage de l’atelier de peinture.Les couleurs obtenues à partir des plantes ou des fleurs étaient utilisées surtout dans les miniatures, et beaucoup moins dans la peinture d’icônes.
Les anciens peintres d’icônes n’utilisaient pas plus de quatre ou cinq couleurs fondamentales, dont les mélanges fournissaient d’autres nuances.
La couleur naturelle la plus utilisée en Russie était l’ocre, contenant un oxyde de fer toxique. La région de Vologda et les terrains le long de la Volga, de l’Oka et d’autres rivières sont particulièrement riches en gisements d’ocre.
On obtenait le blanc à partir du plomb (céruse)
Le minerai glauconite que l’on trouve fréquemment dans les couches sédimentaires des lacs fournissait une couleur verte (prazelen,principalement de l’île de Chypre et, en Russie,de la région de Kapor);mais le vert provenait aussi de la malachite. Les différentes nuances du vert dans la peinture peuvent souvent indiquer l’origine de l’icône.
La couleur cinabre avait une grande importance et fut souvent utilisée pour le fond de l’icône, par exemple, à Novgorod et en Russie du Nord ;A Novgorod, le fond du tableau était d’un rouge orangé vif dans le Nord, il était plus terreux et plus terne. Le cinabre des icônes de Souzdal et de Moscou est d’une nuance plus écarlate, tandis que celui de Pskov est plus framboise.